Médecin aliéniste, surnommé au début du XXème siècle "Le Maître de Sainte-Anne".

Nommé à l'ouverture de l'asile Sainte-Anne (Paris) en 1867 interne du Bureau d'examen, il y vit et fait carrière jusqu'à sa retraite en 1912 comme médecin-chef de ce même service devenu le Bureau d'Admission (d'où son autre surnom, le Bénédictin de Sainte-Anne).

Magnan est l'un des grands réformateurs des conditions de traitement des aliénés : apôtre du no-restraint, promoteur du système de l'open-door, il supprime l'usage de la camisole, de la contention au lit, puis des cellules d'isolement, et introduit en France la méthode allemande de l'alitement continu, dite clinothérapie ou traitement par le lit des malades, les mélancoliques comme les maniaques, même violents.

Magnan fut également un grand clinicien, inventeur des concepts de Bouffée délirante aigüe polymorphe (l'une des formes du délire des dégénérés, dont le tableau clinique est décrit par ses collaborateurs et élèves Saury en 1885 et surtout Legrain en 1886), de délire alcoolique subaigü, de délire chronique à évolution systématique, et défenseur de la doctrine -rénovée depuis Morel- de la dégénérescence.

Il sera aussi l'un des chefs de file de la lutte contre l'alcoolisme en général (il est membre de la Société Française de Tempérance, Association contre l'abus des boissons alcooliques), et l'absinthisme en particulier dont il fait une entité spécifique : voir notamment son ouvrage paru en 1871 (Paris, impr. de Renou et Maulde) : Etude expérimentale et clinique sur l'alcoolisme : alcool et absinthe : épilepsie absinthique) et tout particulièrement l'article du docteur Jean-Pierre Luauté, «L'absinthisme : la faute du docteur Magnan», L'Evolution psychiatrique, 2007, 72; 515-530, ainsi que deux ouvrages consultables en ligne sur le site de la B.N.F. :
- Recherches sur les centres nerveux. Alcoolisme, folie des héréditaires dégénérés, paralysie générale, médecine légale (Paris, G. Masson, 1876-1893)
- On alcoholism : the various forms of alcoholic delirium and their treatment (transl. by W. S. Greenfield, London, H.K. Lewis, 1876)

Magnan forme plusieurs générations de psychiatres et devient le chef de l'Ecole française de médecine mentale. Ses qualités d'enseignant ne lui suffiront toutefois pas à obtenir la chaire de clinique des maladies mentales lors de sa création à Sainte-Anne : elle sera attribuée à un élève de Charcot, Benjamin Ball, plus neurologiste qu'aliéniste.

Magnan fut membre de l'Académie de médecine. Il fonda une maison de santé à Suresnes, dont il prit la direction lorsqu'il obtint sa retraite de Sainte-Anne en 1912.

Sa tombe au cimetière de Montparnasse (Paris) est ornée d'un motif original, qui rappelle ses origines catalanes. L'épigraphe indique non pas ses dates de naissance et de décès, mais celles du début et de la fin de sa carrière à Sainte-Anne :

DOCTEUR MAGNAN
NÉ À PERPIGNAN
MÉDECIN-CHEF À L'ASILE SAINTE-ANNE
1867-1912
OFFICIER DE LA LÉGION D'HONNEUR
PRÉSIDENT DE L'ACADÉMIE DE MÉDECINE